Direktorat Jenderal Pembangunan Daerah Tertinggal, terdiri atas:
- Sekretariat Direktorat Jenderal
- Direktorat Perencanaan dan Identifikasi Daerah Tertinggal
- Direktorat Pengembangan Sumber Daya Manusia
- Direktorat Pengembangan Sumber Daya dan Lingkungan Hidup
- Direktorat Peningkatan Sarana dan Prasarana
- Direktorat Pengembangan Ekonomi Lokal.